הרמב"ם כותב בהקדמתו למשנה תורה: "כל הדברים שבתלמוד הבבלי חייבים כל ישראל ללכת בהן... הואיל וכל אותם הדברים שבתלמוד הסכימו עליהם כל ישראל" (מהדורת קאפח, עמ' מה).
לפיכך הפך התלמוד לספר הלימוד העיקרי של עם ישראל ולבסיס לפירוש ויישום התורה שבכתב. התפילה והמנהג, מדרשי האגדה ועולם המחשבה היהודית מבוססים על התלמוד.
לא יפלא אפוא, שהתורה שבע"פ בכלל והתלמוד בפרט מהווים את המרכיב העיקרי בתכנית לימודיו של התלמיד החל מן הכיתות הנמוכות של בית הספר היסודי דרך חטיבת הביניים ועד בית הספר העל יסודי.
התכנית דלהלן מבוססת על העובדה שכל הסטודנטים הם בוגרי ארבע שנות לימוד בישיבה תיכונית, או בתיכון דתי בכיתות תורניות ולומדים בכל שנות לימודיהם במכללה במסגרת ישיבת הסדר.
מטרות ההתמחות בתלמוד:
לתלמידים הלומדים בישיבת ההסדר - הלימוד הישיבתי כולל לימוד מעמיק של הש"ס ומפרשיו, הראשונים והאחרונים ופוסקי ההלכה. לימודי התלמוד במסגרת החוג מטרתם להשלים את דיסציפלינת התלמוד בשיטת המחקר ולהקנות לסטודנט הבנה וגישה להיבטים ההלכתיים, הספרותיים וההיסטוריים של מקורות ההלכה והאגדה.
דרך הלימוד הביקורתית, ההיסטורית והפילולוגית בהתהוות הספרות התלמודית והרבנית על כיווניה העיקריים תכשיר את הסטודנט למחקר עצמאי מעמיק בכל השטחים דלעיל.
הכשרת הסטודנט תתמקד בתחומים הבאים: מבואות לספרות התנאים והאמוראים, מדרשי הלכה ואגדה, עיון בטקסטים מספרות התנאים והאמוראים, פרקים בתולדות ההלכה, תולדות התפילה והספרות הבתר תלמודית, משפט תלמודי וסמינריון על בעיות אקטואליות מספרות השו"ת, שיכשיר את הלומדים להתמודד עם שאלות שמתעוררות מעת לעת.
בתכנית הלימודים מושם דגש על הקניית כלי ביקורת לשוניים וספרותיים להבנת מקורות ההלכה והאגדה. לשון עברית חכמים יילמד במסגרת לימודי הלשון עברית, וארמית בבלית כקורס השלמה.
בבחירת הטקסטים הנלמדים נלקח בחשבון גם תכנית הלימודים בתושבע"פ בבתי הספר הממ"ד וחטיבות הביניים ובתי הספר העל יסודיים הדתיים בהם ילמדו בוגרי החוג.
בהתאם לאמור לעיל, סדר הלימודים יהיה כדלקמן:
שנה א': הקורסים בשנה הראשונה יתמקדו במבואות וכלי עזר שונים שיהוו תשתית עיונית ולימודית להמשך לימודיו של הסטודנט. הלומד יקבל הדרכה ביבליוגרפית שתקנה לו התמצאות בנבכי הספרות התלמודית, ספרות המחקר וספרי העזר, הוא יקבל הדרכה בכתיבת עבודות זוטא ועבודות סמינריוניות שבאמצעותם הוא ירכוש את כל המיומנויות הדרושות לכתיבה מדעית.
בנוסף לכך ילמד כל סטודנט בשנה הראשונה שני קורסי מבוא: קורס מבוא כללי לספרות התנאים והאמוראים, שמטרתו לתמצת את סדר התנאים והאמוראים ומפעלם, תוך הארת בעיות היסטוריות וטקסטואליות, וקורס מבוא שני לעיון במדרשי אגדה, שמטרתו להקנות לתלמיד גישה ביקורתית בתחום המדרש, מהותו וטיבו.
ה"שקלא וטריא" בתלמוד הבבלי, שהיא היצירה הנצחית הבסיסית למתמחה בתלמוד, כתוב ברובו בשפה הארמית הבבלית. לפיכך חשוב מאוד שהמתמחה בתלמוד יתוודע בראשית לימודיו עם עקרונות הארמית הבבלית, כולל הדקדוק הארמי. מכאן נובעת החובה על כל סטודנט ללמוד בשנה זו קורס בארמית בבלית. כמו כן ישלים התלמיד את ידיעותיו בלשון עברית חכמים במסגרת לימודי הלשון עברית.
שנה ב': בשנה זו יישם הסטודנט חלק מן הנלמד בקורסים של המבואות בשנתיים הראשונות, ויתעמק בטכסטים מן המשנה ומדרשי ההלכה, תוך שימת דגש גם לבעיות עריכה, דפוסים וכתבי יד. בנוסף לזאת ירחיב הלומד את ידיעותיו בספרות הבתר תלמודית וילמד שני קורסים: האחד, יתמקד בכללי הפסיקה ודרכיה במשך הדורות, מן המשנה ועד האחרונים במטרה להפגיש את הסטודנט עם אוצר ספרות הפוסקים. השני, יעסוק במכלול הקשרים שבין המנהג וההלכה והיחס למנהג בתקופות ובקהילות השונות.
שנה ג': בשנה זו יישם הסטודנט חלק מן הנלמד בקורסים של המבואות בשנתיים הראשונות, ויתעמק בטכסטים מן המשנה ומדרשי ההלכה, תוך שימת דגש גם לבעיות עריכה, דפוסים וכתבי יד. בנוסף לזאת ירחיב הלומד את ידיעותיו בספרות הבתר תלמודית וילמד שני קורסים: האחד, יתמק בכללי הפסיקה ודרכיה במשך הדורות,מ ן המשנה ועד האחרונים במטרה להפגיש את הסטודנט עם אוצר ספרות הפוסקים. השני, יעסוק במכלול הקשרים שבין המנהג וההלכה והיחס למנהג בתקופות ובקהילות השונות.
שנה ד': בשנה הרביעית יוסיף הסטודנט לעסוק בספרות הבתר תלמודית וילמד על התקופה של הגאונים ויצירותיהם. יתוודע גם אל התלמוד הירושלמי, והבעיות הקשורות בעריכתו ופרשנותו. בשנה זו ילמד הסטודנט בקורס שנושאו המשפט התלמודי בתחום דיני אישות, מקור ההלכות ויישומן בבתי הדין הרבניים והאיזוריים במדינת ישראל. המתכשר ישתתף בסמינריון בבעיות אקטואליות מספרות השו"ת שיכשיר אותו להתמודד עם שאלות הקשורות בחיים היומיומיים המתעוררות מפעם לפעם. התלמיד יוכל להגיש עבודה סמינריונית באחד התחומים שנלמדו.