חז"ל פירשו שהשבת הנזכרת בפסוק "ממחרת השבת" היא יום טוב ראשון של פסח. לכן יכול להיות שפסח יחול ביום שישי. (הכלל שאומר כי פסח לא יחול ביום שישי נוהג רק בימינו כשלוח השנה מסודר מראש. כאשר קידשו את החודש על פי ראייה הדבר היה אפשרי).
אם פסח חל ביום שישי, יום ראשון של חול המועד שבו קוצרים את העומר יחול בשבת, דבר שגרם לכך שישראל חיללו את השבת כדי לקצור את העומר בזמנו.
הצדוקים, לעומת זאת, פירשו כי שבת המוזכרת בפסוק: "ממחרת השבת", היא שבת רגילה. אם קצירת העומר תהיה תמיד ממחרת של שבת רגילה, כלומר ביום ראשון, לעולם לא יחללו שבת על קצירת העומר. לדעת הצדוקים, לעולם לא יקצרו את העומר בשבת.
נמצא שחכמים והצדוקים חלקו בשאלה אם קצירת העומר דוחה שבת. לדעת הצדוקים לעולם אין מחללים את השבת לקצירת העומר. לדעת חכמים קוצרים לפעמים בשבת.
במבט שטחי נראה שהצדוקים דאגו לכבוד השבת יותר מחכמים. אך זהו דבר שאינו מתקבל על הדעת.
הרב קוק מסביר כי הייתה כאן מחלוקת רוחנית עמוקה שהביאה למחלוקת ההלכתית. הצדוקים והחכמים חלקו בשאלה מהו יחס התורה לעבודת החקלאות.
בכל העמים החקלאות היא ענין כלכלי בלבד. האדם עובד בשדה למחייתו כדי לקיים את משפחתו. את הקדושה ואת שאיפת הקִרבה לאלוהים מוצא האדם בבית התפילה שהוא מקים לאלוהיו. זו הייתה תפיסתם העקרונית של הצדוקים. הם הפרידו לחלוטין בין הקודש של השבת ובין עבודות החול.
לעומתם, החכמים סברו שעם ישראל שונה מכל העמים לא רק בתורתו אלא גם בעבודתו. התורה מנסה ליצור לעם ישראל הוויית חיים שכולה קודש מכף רגל ועד ראש. לא רק התורה והתפילה הם קודש אלא גם האכילה והשתייה, חיי המשפחה ועבודת האדמה, כולם קודש! החתם סופר כתב (תורת משה, פרשת שופטים) שכל העבודות בארץ ישראל אף סנדלרות ונגרות הם חלק ממצוות יישוב ארץ ישראל.
הרב קוק מסביר שלמרות שעבודת האדמה נאסרה בשבת כחלק מל"ט מלאכות האסורות בשבת, עדיין יש בה קדושה עמוקה. התורה מבליטה קדושה זו במצוות הביכורים. הקציר הראשון של התבואה הופך להיות עבודת ה' של הציבור. הקציר הראשון הופך להיות חלק מעבודת בית המקדש, והיא דוחה את השבת (יחד עם שאר עבודות המקדש).
מצד אחד שומרים ישראל את השבת בדקדוק רב, ומצד שני כמו שכל עבודות המקדש דוחות את השבת, כך גם קצירת העומר – העבודה החקלאית שמתעלה להיות חלק מעבודת המקדש העליונה דוחה את השבת.
ניצחו חכמים את הצדוקים וניצחה קדושתם הכוללת כל של ישראל, את החולשה הצדוקית.
בנין הארץ, היסוד הראשי, החקלאות, הלא היא אצל כל העמים רק גורם כלכלי חיוני פשוט, אבל העם אשר הנושא שלו כולו הוא קדש קדשים, וארצו, ושפתו, וכל ערכיו כלם קודש הם [...] הרי גם חקלאותו כולה היא ספוגת קודש, והקודש הזה שביסוד החקלאי מובלט הוא על ידי זה שחגיגת ראשית הקציר, העומר, עולה הוא למדרגת עבודת הקודש היותר עליונה, והקרבן המקודש עמו הוא קרבן צבור, שדוחה את השבת.
הרמז הגדול שיש כאן, כי החקלאות הארץ ישראלית בישראל, יסוד ישובו ובנין נחלתו, נמשכת היא ממקור הקודש באומה קדושה זו, ואם כי כל העבודה החקלאית בגילויה והתמשכותה המעשית, הרי היא מכלל מלאכת החול ואסורה בשבת, אבל הקרבן של חגיגת ראשית הקציר מהחל חרמש בקמה מוכרח להיות עולה למדרגת הקודש של הצבור הקבועה הדוחה את השבת (מאמרי ראיה, עמ' 179).