"בן חמש שנים למקרא, בן עשר למשנה..."(מסכת אבות ה, כא). שיטת ברקאי היא גישה חינוכית ותכנית לימודים כוללת, מן הגן עד הישיבה התיכונית, השמה את לימוד התורה במרכז הצמחת האישיות של הילד ובניין השכלתו.
היא מבוססת על המתווה שהתוו חכמינו: רכישת המקורות על בוריין בתקופת הילדות ועיסוק בעיון בהמשך כל החיים. גישה זאת מתבטאת בלימוד שיטתי של המקרא על פי פשוטו בגיל הרך, ולאחר מכן רכישת המקורות של התורה שבעל פה. בהדרגה ובמידה רבה יותר עם הגיל וצבירת המקורות, מפתחים אצל הלומדים רוח ביקורתית מחודדת ועדינה, להעמקת הבנת המקורות והשוואה ביניהם ולפיתוח כושר הבעה ויצירה מקורית.
אחד העקרונות המרכזיים של שיטת ברקאי הוא יצירת הקשר בין התורה והחיים, בין הקודש והחול, בין ההשכלה התורנית להשכלה הכללית. כל זה מתוך אמונה כי לשם הבנת משמעות הכתוב על פי פשוטו של מקרא נזקקים לידיעות רבות, מן הדקדוק והתחביר ועד להכרת הרקע הגאוגרפי של תוכן הפרק. השיטה משלבת את רכישת היסודות במקצועות כמו לשון, טבע, גאוגרפיה, היסטוריה של עם ישראל ובין הוראת התנ"ך.
תומכי שיטת ברקאי סבורים שקניינה של תורה נעשה בפה, ולכן מקנים חשיבות רבה לשינון הפסוקים. בכיתות הלומדות בשיטת ברקאי לומדים את טעמי המקרא ומשתמשים בהם באופן סדיר בקריאה משותפת בכיתה. השינון תורם להסדרת גרסא נכונה ומדויקת של הפסוקים ובניית זיכרון מקיף למען יהיו דברי התורה משוננים ומחודדים בפי התלמיד.
לימוד המקרא מתחיל במכינה, כלומר בגן חובה, מיד אחרי סיום לימוד הקריאה. כדי לקיים מסורת עתיקה לומדים תחילה את פרק א בספר ויקרא. לימוד פרק זה מאפשרלרכוש מיומנויות בסיסיות ללימוד המקרא כמו הכרת הדף בתנ"ך ואוצר המלים. כמו כן מרגילים את הילדים למהלך הלימוד שילווה אותם. התלמידים לומדים מתי צריך להקשיב תוך כדי מעקב אחרי המילים שהמורה קורא, מתי צריך לקרוא בקול, מתי חוזרים לראש הפסוק, מהי קריאה מקדימה ומהי קריאה מסכמת.
שיטת ברקאי הופעלה תחילה בתלמוד תורה בעיר הקודש חברון וכיום פועלים על פיה עשרות מוסדות חינוך ברחבי הארץ. מכון ברקאי מפתח חומרי למידה ותכניות הדרכה למורים המלמדים לפי השיטה.