בפרשתנו מובא הציווי על שמירת השבת: "ושמרתם את השבת כי קדש היא לכם, מחלליה מות יומת, כי כל העושה בה מלאכה ונכרתה הנפש ההיא" (לא, יד).
הגמרא במסכת יומא פה, דורשת מהמילים "קודש היא לכם" – היא מסורה בידכם ולא אתם מסורים בידה. מכאן שמותר לחלל את השבת לצורך פיקוח נפש. לאור דברי הגמרא הללו מקשה ה"משך חכמה", אם חיי יהודי עדיפים מהשבת הכיצד ייתכן שיילקחו חיי יהודי בעוון חילול השבת? והוא עונה:
אכן באמת קדושת השבת נדחית מפני נפשו של ישראל כי אם אין ישראל ליכא שבת בעולם, ומי יעידו על שביתות השם ממעשיו ועל קדמותו בעולם. אכן אם הישראלי לא שמר את השבת [...] גם אם אינו נסקל נפשו נכרתת מן הקשר האמיץ אשר קשורה כנסת ישראל בה' ובתורתו ומיתתו טובה גדולה לו.
ליהודי יש משמעות עצומה בבריאה. הוא מגלה את כבוד מלכות ה' בבריאה בכל רגע מחייו ועל כן חייו דוחים את השבת. אך כאשר חלילה יהודי מועל בייעודו ומחלל את השבת, שכל מהותה היא חווייתהקשר העמוק שבין עם ישראל לקב"ה, הרי שהוא פוגם בקשר זה ומעתה אין כל משמעות לחייו שכן הוא כבר "מת". אין הוא חי את חייו האמתיים שמהותם הוא קישור אל מלכות ה'. עוד מבאר ה"משך חכמה" שכל דבריו רמוזים בפסוק זה. הפסוק מתחיל, "כי קדש היא לכם" – השבת קדושה לכם.
כלומר, עם ישראל הוא העיקר, הוא זה הפועל במציאות, והשבת נועדה לו. לכן מחללים שבת משום פיקוח נפש. אך ממשיך הפסוק ואומר, "מחלליה מות יומת" – אף על פי שערך החיים עולה על השבת מחללה חייב מיתה. מדוע? מפני ש"כי כל העושה בה מלאכה ונכרתה הנפש ההיא מקרב עמיה". על ידי חילול השבת יהודי כורת את נפשו מהקשר בינו ובין הקב"ה ויורד ממעלתו באופן שאין לחייו עוד משמעות.
לאור זאת ניתן להבין את דברי הגמרא במסכת סנהדרין נח: "גוי ששבת ממלאכה חייב מיתה". נשאלת השאלה: מה חמור כל כך בכך שאף גוי שובת ממלאכה? אך מפסוק זה המתאר את מחלל השבת כמי שכורת את נפשו מקרב עם ישראל, נראה להסביר שהשבת היא מתנה מיוחדת שניתנה דווקא לעם ישראל. בכל ימות השבוע אדם נמצא במרדף להשיג עוד ועוד, בין ברוחניות בין בגשמיות, אך בשבת יש "מעין עולם הבא". השבת היא זמן שבו עם ישראל שמח במה שיש לו ונהנה מעצם הקשר שיש לו עם בורא עולם. על כן אין היא שייכת כלל לגוי, אלא רק לעם ישראל שזכה לסגולה זו.
שנזכה בע"ה לחיות את חיינו בצורה המלאה והשלמה שלהם תוך מילוי התפקיד המיוחד של עם ישראל בעולם, "ואתם תהיו לי ממלכת כהנים וגוי קדוש".