סדר המערכה הוא בעצם ציטוט של גמרא ממסכת יומא לג ע"א, שבו מסביר אביי, על בסיס תפיסתו של התנא אבא שאול, את סדר העבודות במקדש מאז עלות השחר ועד הקרבת תמיד של בין הערביים בסוף היום.
קטע זה הוא ככל הנראה הרשימה המסודרת ביותר הקיימת בש"ס של תיאור העבודות במקדש, ולכן נבחר ככל הנראה על ידי מנסחי סידור התפילה להיכלל בתוך סדר הקרבנות.
עיון בסדר המערכה עשוי ללמד מלבד פרטים שונים על עבודת הקרבנות גם על הדרכים השונות לעבודת ה'בכלל ולעבודת המקדש בפרט.
החשוב והבולט במסרים אלו הוא ההקפדה על כך כי כל פרט ופרט בעבודת ה' במקדש צריך להתבצע בזמנו, לפני או אחרי פעולות מסוימות, ובמיקומו, במחשבה ובכוונה המיוחדת הנלווית לביצועו, תוך הקפדה לכל הפרטים המלאים והמדויקים. עיקרון זה, החוזר רבות במסכתות פסחים ויומא כמו גם בשאר המסכתות העוסקות בעבודת המקדש, מלמד רבות על חשיבות הדיוק המדוד והשקול, שאינו נסוג גם מפני ספונטניות של התלהבות לעשיית מצווה בסדר כזה או אחר בלי שמירת הסדרים המדויקים.
חשיבות זו לביצוע עבודת ה' באופן מדורג ומסודר ללא קפיצות ודילוגים מודגשת מאוד בפירושו של הרב קוק לסדר המערכה (סידור עולת ראי"ה). הרב קוק טוען כי החובה לסדר קודם את העצים המשמשים להקרבת קרבן התמיד לפני הכנת הקטורת רומזת על הסדר הרצוי בעבודת ה'. לדבריו, "כשם שהחיים הטבעיים באדם קודמים בהופעותיהם לחיים הרוחניים" כלומר המוסר הטבעי וסדר החיים הנורמלי קודם להתעלות הרוחנית או בניסוח אחר "דרך ארץ קדמה לתורה", כך גם בעבודת הקרבנות העבודה הבסיסית, החומרית והמגושמת יותר של הקרבת קרבן התמיד קודמת להתעלות הרוחנית העילאית הקשורה בהעלאת הקטורת.
ייתכן שתפיסה זו עשויה לספק הסבר מעניין לאחת התמיהות המרכזיות הקשורות לפרשת סדר המערכה. מהסוגיה ביומא יד ע"א עולה שיש מחלוקת בין חכמים ובין אבא שאול שאותו מצטט אביי. המחלוקת מתמקדת בשאלת היחס בין הטבת נרות המנורה להקטרת הקטורת. לדעתם של החכמים יש להיטיב חמש נרות, להקטיר את הקטורת, להשלים את הטבתם של שני נרות המנורה הנוספים ורק לאחר מכן להקריב את קרבן התמיד. אבא שאול לעומתם טוען שהסדר הנכון הוא: להיטיב חמישה נרות, להקריב את קרבן התמיד, להשלים את הטבת הנרות ורק לאחר מכן להקטיר את הקטורת. העובדה המפתיעה היא שלמרות דעתם של כל החכמים החולקת על אבא שאול, ולמרות דברי הרמב"ם (הלכות תמידין ו, א–ד) הפוסק כחכמים (שהקטרת הקטורת קודמת לקרבן התמיד), הסדר
המובא בסידור בכל הנוסחים הוא לפי שיטתו של אבא שאול שלא נפסקה להלכה.
ייתכן שהסיבה לכך היא פשוטה למדיי. כפי שציינו, דבריו של אביי הם ככל הנראה יחידים בש"ס בסידורם ובבהירותם לגבי סדר העבודה במקדש. אף שאביי ניסח את סדר העבודה על פי שיטתו של אבא שאול, שולב דווקא קטע זה בסידור התפילה.
אולם אם נמשיך בקו מחשבתו של הראי"ה, ניתן אולי להעלות אפשרות נוספת מדוע שולב קטע זה שכאמור אינו להלכה בסידור.
ייתכן שמעצבי נוסח התפילה העדיפו את הסדר של אביי ואבא שאול על פני זה של חכמים כדי להדגיש את החשיבות שבדחיית עבודת הקטורת כמעט לסוף הרשימה, לאחר קרבן התמיד והדלקת הנרות. כל זאת מתוך רצון להמחיש את החשיבות שבהדרגתיות ובזהירות שלא לקפוץ הישר אל שיא הרוחניות של הקטרת הקטורת, אלא לעמול תחילה על הדלקת המנורה (הרומזת פעמים רבות לחכמת התורה שב"נגלה") ועל הכנת קרבן התמיד הרומז לצורך שבביסוס סדרי החיים הטבעיים והנורמליים על היושר והקרבה לה'. רק לאחר העבודה הרוחנית הקשורה למילוי משימות אלו ניתן להגיע אל הדבקות העילאית של שיא הרוחניות באמצעות הקטרת הקטורת.
בשנים האחרונות מתחוללים שינויים בעולם הרוחני בעולם בכלל ובקרב אחינו בית ישראל בפרט. בעולם כולו יש כמיהה לרוחניות, למציאת משמעות עמוקה יותר לחיים, לקשר למציאות שמעבר לגשמי ועוד. מציאות זו על פניו היא מבורכת וממחישה את תבוסתם של האידאולוגיות החומרניות ששלטו בעולם במאה הקודמת אל מול הרגש הטבעי של אמונה ותחושה דתית המפעם בכל אדם. אולם לצד מהלך חיובי זה נלווים למציאות זו גם צללים לא מעטים. רבים מעדיפים לחבור לעולם רוחני של חוויות ללא מחויבות, של דבקות בשמים ללא מהלכים תואמים על הארץ.
גם בקרב עמנו אנו פוגשים מדי פעם מכונים למיניהם המבטיחים התעמקות בכל סתרי התורה ומציאת הדרך לדבקות עילאית בבורא מבלי לגעת ביסודות האמונה וההלכה, ולעתים אף ללא שמירת מצוות. גרסאות מעודנות יותר של תפיסה זו פושות לאחרונה גם בקרב לומדי התורה.
עיון מחודש בסדר הקרבנות בכלל ובסדר המערכה בפרט עשוי אם כן ללמדנו על הדרכים הראויות וההדרגתיות בעבודת ה'. בע"ה נתפלל ונזכה ליום שבו לא רק נלמד את סדר הקרבנות אלא נוכל גם ליישמו הלכה למעשה.